Lalat wortel adalah masalah serius yang paling umum terjadi pada budidaya wortel. Larva lalat memakan terowongan di dalam akar sehingga merusak tanaman. Pilih varietas wortel yang tahan hama, seperti Resistafly, Flyaway, atau Syrtan.
Alternatifnya, pasang penghalang jaring halus setinggi 45 cm di sekeliling tanaman atau tutupi dengan kain flanel atau bahan serupa. Menanam wortel secara bergantian dengan tanaman pendamping, seperti bawang merah atau bawang putih, dapat membantu menutupi baunya.
Penghalang fisik seperti penutup tanaman, jaring halus, atau polietilen, yang ditempatkan di sekitar atau di atas wadah wortel, dapat mencegah lalat wortel secara efektif.
Wortel umumnya siap dipanen sekitar 12–16 minggu setelah tanam. Kematangan wortel dapat diketahui dengan mengamati ukuran dan warna bagian atas wortel, atau dengan mencabut wortel pada saat tanah lembab, atau menyiramnya terlebih dahulu agar tidak hancur saat ditarik.